รัฐนี้เป็นส่วนหนึ่งในโครงการ SIJORI เพื่อเชื่อมโยงระบบสายส่งไฟฟ้าระหว่างอินโดนีเซีย มาเลเซีย และสิงคโปร์
ประวัติศาสตร์
ชื่อ "ยะโฮร์" (Johor) มาจากคำภาษาอาหรับว่า "เยาฮาร์" (Jauhar) ซึ่งแปลว่าอัญมณี (แต่ภาษาไทยโบราณ เรียกว่า ยี่หน) รัฐแห่งนี้สถาปนาขึ้นเมื่อราวต้นคริสต์ศตวรรษที่ 16 (กลางพุทธศตวรรษที่ 21) โดยราชบุตรของสุลต่านมาห์มุด ชาห์ (Sultan Mahmud Shah) หลังจากที่ทรงหลบหนีการโจมตีของพวกโปรตุเกสที่เมืองมะละกา ซึ่งต่อมาเมืองยะโฮร์ ได้ขยายอำนาจขึ้นเป็นอาณาจักรยะโฮร์ และมีอำนาจปกครองข้ามไปถึงหมู่เกาะรีเยา (Riau) เลยทีเดียวถึงแม้ว่าภายหลังอาณาจักรยะโฮร์พยายามทำสงครามกับพวกโปรตุเกสเพื่อยึดเมืองมะละกากลับคืน โดยตลอดระยะเวลา 130 ปี แต่ก็ยังไม่สามารถยึดกลับคืนมาได้ ดังนั้น ยะโฮร์จึงเปรียบได้กับหอกข้างแคร่ที่คอยขัดขวางการควบคุมช่องแคบมะละกาของโปรตุเกสอย่างเบ็ดเสร็จ
ประวัติศาสตร์ของยะโฮร์ตั้งแต่ช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 16 ถึงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 17 (ราวกลางพุทธศตวรรษที่ 22 - กลางพุทธศตวรรษที่ 23) จะเป็นในลักษณะของการดำเนินนโยบายการต่างประเทศกับรัฐพันธมิตรอื่นๆ ที่เป็นเครือญาติกัน รวมไปถึงการติดต่อกับชาวตะวันตก ทั้งนี้ก็เพื่อการดำรงไว้ซึ่งอำนาจทางการเมืองและเศรษฐกิจในช่องแคบมะละกา อาณาจักรยะโฮร์ จะต้องทำสงครามยืดเยื้อหลายหนกับรัฐอะเจะห์ (Acheh) ที่อยู่ทางตอนเหนือของสุมาตรากับรัฐมะละกาของ พวกโปรตุเกส ทั้งนี้ก็เพื่อแย่งชิงอำนาจในการควบคุมเส้นทางการค้าที่ช่องแคบมะละกา โดยมีพันธมิตรร่วมสงครามที่สำคัญคือรัฐมาเลย์อื่น ๆ และฝรั่งชาวดัตช์
ในปี ค.ศ. 1641 (พ.ศ. 2184) ยะโฮร์ได้ร่วมมือกับพวกดัตช์ เข้าทำสงครามกับรัฐมะละกาของโปรตุเกส และสามารถเข้ายึดเมืองได้สำเร็จ และตั้งแต่ปี ค.ศ. 1660 (พ.ศ. 2203) เป็นต้นมา ยะโฮร์ได้กลายมาเป็นศูนย์กลางการค้าขายที่สำคัญของภูมิภาค ถึงแม้ว่าในช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 17 ถึง คริสศตวรรษที่ 18 (กลางพุทธศตวรรษที่ 22 - พุทธศตวรรษที่ 23) ยะโฮร์ได้เริ่มเสื่อมอำนาจและมีรัฐแยกตัวออกไปบ้างก็ตาม
ในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 18 (ราวพุทธศตวรรษที่ 24) ชาวเผ่าบูกิส (Bugis) จากเกาะซูลาเวซี และชาวเผ่ามีนังกาเบา (Minangkabau) จากเกาะสุมาตรา ได้เข้าควบคุมอำนาจในจักรวรรดิยะโฮร์-รีเยา แต่อย่างไรก็ตาม ในช่วงต้นคริสตศตรรษที่ 19 (กลางพุทธศตวรรษที่ 24) ชาวมาเลย์กับชาวบูกิส แข่งขันกันมีอำนาจในบริเวณนี้ ต่อมาในปี ค.ศ. 1819 (พ.ศ. 2362) จักรวรรดิยะโฮร์-รีเยา ได้แยกออกเป็น 2 อาณาจักร คือ อาณาจักรยะโฮร์ ซึ่งปกครองโดยชาวเตเมงกอง (Temenggong) และรัฐสุลต่านรีเยา-ลิงกี (Sultanate of Riau-Linggi) ซึ่งปกครองโดยชาวบูกิส และจุดนี้เองที่ถือได้ว่าเป็นจุดเริ่มต้นของประวัติศาสตร์รัฐยะโฮร์ปัจจุบัน
ในปี ค.ศ. 1855 (พ.ศ. 2397) ภายใต้สนธิสัญญาที่ทำกันระหว่างอังกฤษซึ่งขณะนั้นปกครองสิงคโปร์อยู่ กับสุลต่านอาลีแห่งยะโฮร์ ทำให้พระองค์ทรงต้องยอมยกอำนาจการปกครองรัฐให้แก่ ดาโต๊ะ เตเมงกอง ดาอิง อิบราฮิม (Dato' Temenggong Daing Ibrahim) ยกเว้นพื้นที่เกซัง (Kesang area) หรือ มัวร์ (Muar) ซึ่งในที่สุดก็ได้ตกเป็นของ เตเมงกอง อิบราฮิม ในปี ค.ศ. 1877 (พ.ศ. 2420) เตเมงกอง อิบราฮิม ได้สถาปนาเมืองบันดาร์ตันจุงปุเตรี (Bandar Tanjung Puteri) ซึ่งอยู่ทางตอนใต้ ขึ้นเป็นเมืองสำคัญเมืองหนึ่งของรัฐ และปัจจุบันนี้ได้กลายมาเป็นเมืองหลวงของรัฐยะโฮร์ ผู้สืบราชบัลลังก์องค์ต่อมาคือราชบุตรของพระองค์ชื่อ ดาโต๊ะ เตเมงกอง อาบู บาการ์ (Dato' Temenggong Abu Bakar)หรือ ศรีมหาราชายะโฮร์ (Seri Maharaja Johor) และต่อมาในปี ค.ศ. 1866 (พ.ศ. 2409) พระองค์ก็ได้รับสถาปนาเป็นสุลต่านแห่งรัฐยะโฮร์
สุลต่านอาบู บาการ์ แห่งรัฐยะโฮร์ (ค.ศ. 1864 - 1895 หรือ พ.ศ. 2407 - 2438) ทรงเป็นผู้พระราชทานรัฐธรรมนูญให้แก่รัฐยะโฮร์ และทรงปฏิรูประบบการบริหารราชการให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น นอกจากนี้ยังทรงสร้างพระราชวังประจำองค์สุลต่าน ซึ่งมีชื่อว่า อิสตานา เบซาร์ (Istana Besar) เนื่องจากพระองค์ทรงทำให้รัฐมีความก้าวหน้าเป็นอย่างมาก พระองค์จึงทรงพระนามอีกพระนามหนึ่งว่า "พระบิดาแห่งรัฐยะโฮร์ใหม่" และมีการสร้างอนุสาวรีย์ของพระองค์ขึ้นที่ริมฝั่งทะเล ตรงข้ามกับศาลยุติธรรม เพื่อเป็นการระลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณที่ทรงมีต่อรัฐ
ความต้องการพริกไทยดำ กับสีเสียดที่เพิ่มมากขึ้นในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 19 (ราวพุทธศตวรรษที่ 24) ทำให้มีการเปิดพื้นที่ทำเกษตรกรรมเพิ่มมากขึ้น และเป็นเหตุให้มีแรงงานจีนอพยพเข้ามาทำงานเป็นจำนวนมาก ซึ่งถือได้ว่าเป็นรากฐานเศรษฐกิจของรัฐยะโฮร์เลยทีเดียว และในปี ค.ศ. 1914 (พ.ศ. 2457) ภายใต้ระบบผู้สำเร็จราชการของอังกฤษ ทำให้สุลต่านอิบราฮิม ผู้ครองราชบัลลังก์ต่อจากสุลต่านอาบู บาการ์ ทรงต้องจำใจยอมรับนาย ดี จึ แคมป์เบลล์ (D. G. Campbell) เข้าเป็นที่ปรึกษาราชการ นับเป็นชาวอังกฤษคนแรกที่ได้เป็นที่ปรึกษาราชการของรัฐยะโฮร์
เมืองยะโฮร์บาห์รู เป็นเมืองสุดท้ายแหลมมลายู ที่ถูกชาวญี่ปุ่นเข้ายึดครองในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 จากนั้นในปี ค.ศ. 1948 (พ.ศ. 2491) รัฐยะโฮร์ได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกของ "สหพันธรัฐมลายา" ซึ่งต่อมาได้รับเอกราชจากอังกฤษในปี ค.ศ. 1957 (พ.ศ. 2500)